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病理学与病理生理学国家重点学科由病理生理学教研室、肿瘤研究所、病理学教研室组成，创始人为我国著名的病理学与病理生理学家潘世宬教授，继而在姚开泰院士、孙去病、罗正曜、易涵碧教授等老一辈科学家以及李桂源、曹亚、陈主初、文继舫、肖献忠等为代表的中青年学术带头人带领下，形成了鼻咽癌病因发病分子机制研究、鼻咽癌易感基因克隆及其功能研究、基因工程抗体及肿瘤免疫治疗研究、败血症休克及心血管病理生理、肺脏分子病理研究等多个稳定而有特色的研究方向。
本学科1977年、1981年先后获硕士、博士授予权，1990年批准为病理生理学国家重点学科，1991年批准为基础医学博士后流动站，1994年批准为卫生部癌变原理重点实验室，2000年批准为教育部癌变与侵袭原理重点实验室、国家第四批长江学者特聘教授岗位；2001年，经国家学科办重新评审，再次被批准为病理学与病理生理学国家重点学科。
在鼻咽癌病因发病分子机制研究中，率先从整体、细胞及分子水平系统阐述化学物质和EB病毒在鼻咽癌发病中的作用；克隆了多个鼻咽癌发病相关基因，探讨了鼻咽癌易感的分子基础，提出了鼻咽癌发病的多基因网络机制，推动了鼻咽癌疾病基因组计划的实施进程，使该领域研究处于国际前沿。
在基因工程抗体及肿瘤免疫治疗研究中，首先开展鼻咽癌抗独特型基因工程抗体疫苗研究，并用人源抗体库技术筛选获得全人源化抗大肠癌单链抗体，为恶性肿瘤的诊断和治疗奠定了坚实基础。
在败血症休克及心血管病理生理研究中，系统地阐明了休克肺及心脏缺血-再灌注损伤的发生机理，在全身炎症反应综合征、热休克蛋白基因表达调控及其心血管细胞保护作用方面的研究达国际先进水平，使本学科休克研究跃居全国牵头单位之一。
在肺脏分子病理的研究中，在国内率先开展了肥大细胞参与矽肺纤维化过程的系列研究，并对肺癌相关新基因的结构与蛋白质组及细支气管肺泡癌的分子病理进行了深入探讨，为阐明肺纤维化及肺癌发病的分子机理提供了重要的理论依据。
在长期的科研教学实践中，本学科形成了以姚开泰院士为首的由13位教授（8位博导）、18位副教授组成的优秀学术带头人队伍。该队伍具有学历结构、知识结构及年龄结构的优势，使学科成为高层次研究人才的培养基地。近五年来，已培养博士生26人，硕士生27人，与相关学科联合培养博、硕士生21人；目前在读博士生39人、硕士生55人。有两人获国务院学位委员会和国家教委“做出突出贡献的中国博士或硕士学位获得者”，两人获人事部、三人获卫生部“有突出贡献的中青年专家”，三位博士获中国科协青年学术年会优秀论文奖，11位研究生获谈家桢生命科学奖，显示出强劲的竞争力。
本学科持续性地获取“六.五”、“七.五”、“八.五”、“九.五”国家攻关项目、国家863高科技项目以及国家重点基础研究发展规划(973)首批立项的两个项目，获国家杰出青年基金、国家自然科学基金重点项目(4项)及国际科研基金(CMB等)。五年来获科研基金总额人民币3203万元，美金54.9万元；获国家科技进步二等奖、国家发明三等奖及省部级科研教学成果奖30余项，发表学术论文487余篇，其中SCI论文102篇，并主编专著《休克学》、主编五年制、七年制、八年制《病理生理学》全国规划教材。
根据二十一世纪生命科学发展的趋势以及人类基因组计划实施和进展对医学科学带来的革命性变化，同时根据学科自身的特点和优势，学科将持续、自主地培养与国际水平相当的一批高水平的博士，形成以学科为核心的科学家群落。
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